Zərnigar Fəti qızı Ağakişiyeva Qubanın Rustov kəndində anadan olub.

Bakı Ticarət-Kooperativ Texnikumunda, Moskvanın Kooperativ Texnikumunun nəzdindəki Reklam işi üzrə dekorçu-rəssam kurslarında, Azərbaycan Dövlət İncəsənət İnstitutunun Dram və kino aktyorluğu fakültəsində (1968-1972) təhsil alıb.

Bir müddət Tədris Teatrında çalışıb. Akademik Milli Dram Teatrında ilk tamaşası “Müdrüklər” (A.Ostrovski) dramında Mamayeva rolu olun (1973). Uzun müddət Akademik Milli Dram Teatrında çalışıb (1974-2011).

“Şöhrət” ordeni (2014) və Dövlət mükafatı ilə təltif olunub.

Əməkdar artist (1982), Xalq artisti (2000) Zərnigar Ağakişiyeva 2018-ci ildə vəfat edib, Quba şəhər qəbiristanlığında dəfn olunub.