Zərnigar Fəti qızı Ağakişiyeva Qubanın Rustov kəndində anadan olub. Bakı Ticarət-Kooperativ Texnikumunda, Moskvanın Kooperativ Texnikumunun nəzdindəki Reklam işi üzrə dekorçu-rəssam kurslarında, M.A.Əliyev adına Azərbaycan Dövlət İncəsənət İnstitutunun Dram və kino aktyorluğu fakültəsində (1968-1972) təhsil alıb. Bir müddət Tədris Teatrında çalışıb. Rejissor Əşrəf Quliyevin dəvəti ilə Akademik Milli Dram Teatrında ilk tamaşası 1973-cü ildə göstərilən A.Ostrovskinin “Müdrüklər” dramında Mamayeva rolunu oynayıb. 1974-cü ildən Akademik Milli Dram Teatrının aktyor heyətinə qəbul olunub. 2011-ci ilə qədər bu teatrın səhnəsində müxtəlif xarakterli obrazlar yaradıb. “Şöhrət” ordeni (2014) və Dövlət mükafatı ilə təltif olunub. Əməkdar artist (1982), Xalq artisti (2000) Zərnigar Ağakişiyeva 2018-ci ildə vəfat edib, Qubada dəfn olunub.