Ağaxan Ələsgər oğlu Ağabəyli Salyanın Kür Qaraqaşlı kəndində anadan olub. Azərbaycan Politexnik İnstitutunun kənd təsərrüfatı fakültəsində təhsil alıb. Xalq Torpaq Komitəsinin Kolxoz mərkəzi sistemindəki Salyan peşə məktəbinin direktoru (1927-1929), Bakı və Şəkidə aqronom-zootexnik (1929-1930) işləyib. Təhsil illərində paralel olaraq xalq məhkəməsinin istintaq şöbəsində kargüzar və Salyan şəhərinin sosial–təminat şöbəsində işaparıcı, Bakı və Salyan şəhərlərində müəllim vəzifələrində çalışıb (1920-1927). Tələbə elmi xətti ilə ətlik ingilis qoyun cinslərinin yetişdirilməsi tarixini öyrənmək məqsədilə Ukraynadakı Ümumittifaq Hibridləşdirmə və İqlimləşdirmə İnstitutuna, yunluq və ətlik məhsuldarlığını öyrənmək məqsədi ilə Askaniya-Nova Hibridləşdirmə İnstitutuna, professor N.Potyomkinin rəhbərliyi altında elmi tədqiqatlarla məşğul olmaq üçün Moskva və Leninqrad şəhərlərinə göndərilib (1925-1926). “İri buynuzlu qaramalın genetika və seleksiyası” ixtisası üzrə Moskva Ümumittifaq Elmi-Tədqiqat Heyvandarlıq İnistitutunun aspiranturasında təhsil alıb və “Ləzgi cinsli qoyunlar və onların meronoslarla çarpazlaşdırılmasının nəticələri” mövzusunda tədqiqatlar aparıb (1930-1932). 36 il müddətinə AzKTİ-nin “Heyvanların yetişdirilməsi və genetikası” kafedrasına rəhbərlik etməklə yanaşı, “Zoologiya və darvinizm” kafedrasının müdiri, Azərbaycan Elmi Tədqiqat Heyvandarlıq İnistitutunda baş elmi işçi (1932-1946), AzKTİ-nun zootexnika fakültəsinin dekanı (1932-1996) işləyib. 1966-cı ildən Azərbaycan EA Genetika və Seleksiya İnstitutunda “Heyvanların genetikası və seleksiyası” şöbəsinə rəhbərlik edib. Azərbaycanda camışçılıq sahəsinin banisi sayılır. Kənd təssərrüfatı elmləri doktoru (1949), Professor (1950), Əməkdar elm xadimi, Ümumittifaq Kənd Təsərrüfatı Elmləri Akademiyasının müxbir üzvü (1956), AMEA-nın müxbir üzvü, (1964) Ağaxan Ağabəyli 1980-ci ildə vəfat edib.